A oeste da cidade do século XVI predominavam os campos cultivados. O mapa de Mateus Fernandes indica, com particular precisão, as várias culturas que circundavam o núcleo urbano usando referências lacónicas como "terra do pão", "vinha" ou "cana", três dos vértices da economia regional da época. Poucos edifícios existiam nessa área - no entanto, algumas estruturas importantes são delimitadas: a antiga capela de Santa Catarina e seu hospício, a capela e hospício de São Lázaro e o forte da Penha de França, próximo ao ilhéu da Pontinha. Os caminhos de Câmara de Lobos e Piornais, que terminavam nos portões da ermida de São Paulo, nas margens da Ribeira Grande [mais tarde chamada São Paulo e hoje conhecida como Ribeira de São João] são aqui delimitados.

Foi nesta área que se edificou a primeira sede paroquial madeirense, a Igreja de Santa Maria do Calhau (destruída em 1803), aqui representada tendo como anexos as casas da Misericórdia do Funchal, onde funcionava um hospital que deixaria a sua marca na toponímia da área. O traçado dos arruamentos assume um plano simples, com ruas paralelas ao longo da costa, bem próximo da disposição actual. Bairro de pescadores, a zona velha da cidade tinha um pequeno templo dedicado ao seu patrono, São Pedro Gonçalves Telmo, que se manteve inalterado em sua planta até aos nossos dias. No extremo Oriental da costa, sobre um penhasco arredado das casas populares, a Igreja de São Tiago, patrono do Funchal, erguia-se no local onde hoje existe a Igreja do Socorro. O templo original seguia a orientação comum das ermidas da época, de costas para o Sol nascente.

Extensos campos de trigo ocupavam o sopé do Pico das Freiras [Frias], onde se havia de erguer a Fortaleza de São João Baptista do Pico, então propriedade das religiosas de Santa Clara e, alguns anos depois, dos Padres da Companhia de Jesus. A Leste do monte, junto às margens de Santa Luzia, vários moinhos asseguravam o mantimento de uma cidade em crescimento, marcando a toponímia do local até aos nossos dias. Do outro lado da ribeira, junto do caminho que conduz a "Nossa Senhora do Monte" [com o mesmo traçado hoje correspondente à calçada da Encarnação e ao Caminho de Santa Luzia], a Capela da Conceição, primeira sede paroquial de Santa Luzia, que mais tarde integraria o convento da Encarnação. Entre esta área e as ravinas da Ribeira de Santa Maria [João Gomes], depois das hortas (mais próximas do curso de água), dispunham-se vastas parcelas dedicadas à plantação de cana sacarina.

Entre as margens da Ribeira Grande [São João] e a Ribeira de Santa Luzia, em zona próxima do centro urbano manuelino mas ganhando em declive os ares de cidadela, ficava a área escolhida por Zarco para sua derradeira moradia [Cruzes] e onde a sua descendência havia de fundar um dos mais importantes espaços religiosos do arquipélago: o Convento de Santa Clara. A Oeste, a Capela de São Paulo velava pela principal entrada na cidade, no extremo da Rua da Carreira, já bem delineada no traçado que trouxe até aos nossos dias e que, na sua extensão, assumia o papel de eixo principal do Funchal. Do outro lado, junto à ribeira, dois engenhos (um de António de Aguiar e outro dito "da Viúva") justificavam os canaviais que se faziam presentes entre as habitações, ao lado de parcelas apontadas como "hortas". De salientar a referência às casas de Luís de Noronha junto ao Convento de Santa Clara, nas Cruzes, onde Zarco viveu.

O centro citadino albergava os principais edifícios da cidade: a Sé, a Fortaleza de São Lourenço, a Alfândega e as Casas da Câmara. A Catedral apresentava, nas traseiras, uma cerca extremada por uma construção de uso desconhecido, tendo ao lado desta o grande edifício mandado construir por D. Manuel para albergar a Câmara, com fachada virada para o Largo de São Sebastião [Chafariz] onde se erguia a capela com a mesma invocação. A Fortaleza de São Lourenço, ainda em planta rectangular e sem os acréscimos que viria a sofrer no século XVII, guardava em seu interior as Casas do Capitão. Ao lado, a Alfândega, cujo edifício tardo-gótico chegaria, em parte, aos nossos dias, ainda que com várias alterações. As ruas emaranham-se em linhas semelhantes ao que hoje é possível observar, intercalando as construções monumentais com hortas privadas, como as que são visíveis junto do Convento de São Francisco, propriedade dos Frades Menores. A Leste, junto da ribeira, o engenho e palacete de Zenóbio Accioli, à Rua Direita, que então percorria as duas margens da ribeira. A Rua da Queimada de Cima e a Rua da Queimada de Baixo, encontram-se já representadas (a primeira sem indicação de nome e a segunda indicada como "de São Sebastião", o que é natural, sendo este mapa anterior ao grande incêndio de 1593). Grande parte da toponímia inscrita, tendo por referência algum ofício tradicional, edifício ou personagem de relevo, chegaria aos nossos dias.

A nascente surgem curiosas referências às escarpas da Ribeira de Santa Maria [João Gomes], que obstaculizavam a passagem para o centro da cidade. Os campos desta área são predominantemente ocupados por vinha e cana-de-açúcar, embora em menor número que os indicados na zona poente (talvez por força da orografia), raramente pontuados por construções. Saindo de uma bifurcação na área correspondente ao actual Campo da Barca, um caminho sobe para Norte, "para a serra e para o Faial".

A ocupação do espaço costeiro entre as ribeiras de Santa Luzia e Santa Maria [João Gomes] surge como necessária resposta ao crescimento de uma cidade dividida em dois núcleos: a zona popular, em Santa Maria, e a zona administrativa, no centro manuelino. A edificação neste hiato territorial permite forjar uma identidade comum para a urbe. Curiosamente, neste ponto de convergência de duas realidades sociais distintas, a construção assume um carácter pouco apaziguador - é esta a área escolhida para a construção da cadeia e edificação do Pelourinho. Como principais vias estruturantes do tecido urbano aparecem referências à Rua Direita, já com esse nome, e à Rua dos Medinas [Rua do Seminário]. Outros traçados correspondem aos actuais arruamentos da Rua da Conceição (que conduzia à igreja da mesma invocação), da Rua Fernão de Ornelas, da Rua do Ribeirinho de Baixo e da Rua da Cadeia Velha, que recebe o seu nome do edifício desaparecido aqui indicado. Um outro longo traçado longitudinal não identificado segue a disposição da actual Rua do Carmo.